脫硫設備進行脫硫后會產生廢水，這些廢水需要經過處理才能排放。在處理脫硫工藝的廢水時要注意以下事項：

　　1) 脫硫后若進入廢水中的亞硫酸離子超過100mg/L，則需要進行氧化處理，以減少COD，其氧化方法與脫硫塔的強制氧化一樣，鼓空氣，并保障足夠的氧化時間;

　　2) 脫硫廢水中的石膏呈過飽和狀態，它應在沉淀重金屬前將石膏的過飽和度消除掉，以免在沉淀重金屬處理時發生結垢現象。因此，常從澄清池中泵回商業石膏作為晶種，消除石膏過飽和度，再往廢水添加石灰或氫氧化鈉，調整PH，沉淀大部分重金屬;

　　3) 在脫硫廢水這需添加硫化物以沉淀其中的汞和鎘，硫化物對重金屬，尤其是汞的處理效果好，硫化物要求加入處理流程